一般来说，纯天然的燕窝颜色会略微发黄，呈米白色、米灰色或米黄色都是正常的。而燕窝的颜色会受到季节、光照、存放时间、筑巢环境等多种因素的影响。
例如洞燕的颜色一般会比屋燕的颜色更深，因为洞燕容易受到岩洞内矿物质渗透及微生物作用，从而使颜色变深，再加上屋燕有工作人员定期及时采摘，所以屋燕一般比洞燕更新鲜。
雨季燕窝的颜色普遍会比旱季燕窝偏白，因为雨季金丝燕的食物充足，唾液腺更为发达，筑巢用时也就更短，燕窝暴露在空气中的时间较少。
印尼燕窝一般会比马来西亚燕窝的颜色偏黄一些，这是因为印尼当地的燕农大约在90天的时候采摘燕窝，而马来西亚的燕农是在60左右采摘燕窝，相差的这30天也造就了燕窝色泽的差异。
燕窝的营养价值与颜色并没有直接的关系，只要是纯天然的燕窝，不管是偏黄还是偏白，营养价值都是差不多的，不要迷信颜色越深营养价值越高的传言。但如果燕窝的颜色过于白，甚至白得发亮，大家就要特别留心了，这样的燕窝漂白过的可能性较高。
